3см для растений с мощной корневой системой того маловато. 5 см в самый раз будет
----------
Если аквариум травник, то рыб должно быть не много, в противном случае придется сифонить часто, и рыбы должны быть не крупные. В идеале вишен посадить, и можно забыть про инструмент сифон и про сифонку грунта.