По большому счёту ссылка приведённая Аллаф, многое объясняет.
Исправить существующее положение лучше всего полным т.н. "перезапуском" ( терпеть не могу это слово; но так понятнее ) аквариума. На это время рыбок переселить в иную ёмкость, хоть в ведро. Поставить компреccор и кинуть растения, сверху ведро накрыть, чтобы не выпрыгнули. И начать не спешно подготавливать аквариум. Неспешно потому, как спешка аквариуму только вредит. Моё сугубое мнение - не пользоваться ни какими т.н. кондиционерами.
Почитайте про биобаланс в аквариуме и много станет легко и понятно. Авторы книг по аквариумистике ( советского периода, т.к. лучше найти трудно ), где хорошо описан этот самый биобаланс - Ильин, Полканов, Цирлинг...