Mnogosey, у меня в маленьком аквариуме на 35 литров внутренний фильтр Fan filter fan mini. В подобных случаях я поступаю так:
1. Мою фильтрующий материал аквариумной водой;
2. Набираю 3-х литровую банку аквариумной воды;
3. Устанавливаю фильтр в эту банку и включаю его. Примерно в течении 3-5 секунд из фильтра вылетает всякая грязь, аж смотреть противно.
4. Отключаю фильтр, резко вынимаю из банки, устанавливаю фильтрующий материал на место и фильтр в аквариум.
Пока никаких проблем не было.