а я вот думаю - может фильтр пока не ставить, а слить в ведра эту воду со взвесью, но не выливать, а процедить через какой-нибудь фильтрующий материал (хоть марлю в 10 раз сложенную).
и процеженную воду - обратно в аквариум.
откуда у меня такая мысль: фильтр поставишь - он в себе всю эту умирающую органику соберет, вода станет прозрачной, а умирающие водоросли как были в воде - так и останутся, и будут дальше разлагаться.
а посредством процеживания, надеюсь, удастся сократить количество этой дохнущей органики в аквариуме.