гуппи

[дед Мазай]

в пакетик с гуппи, добавить "малахитово зелёный

Для какой цели? Несказали? Если для дезинфекции,то "малахитка" эффективеа,как правило,против бактериалки,но...если делать длительные ванны. В Вашем случае бактерии могли просто,так сказать, "съежиться" на время и распрямиться...Это ВИДИМОСТЬ дезинфекции...

опустить пакет с рыбками в воду

Вот с этим никто не спорит...Это нужно для того,что температура в пакете сравеялась ПОСТЕПЕННО с температурой в аквариуме и не было резких перепадов температуры от которых рыбки могут получить стресс и заболеть.

подливать в пакет воды из аквариума

Тоже правильный совет.Это нужно для того,чтоб рыбки привыкли постепенно к новым параметрам ( жесткость,кислотность - щелочность и т.д. ) воды в которой им придется жить.

а потом выловить их и запустить в него

Не вижу причин,почему нельзя ,после адаптации,о которой написано выше,выпустить рыб в аквариум вместе с той водой,в которой они плавают в пакете ?

Можно ли так делать?

Лучше делать так как я описал выше....
----------
В дальнейшем,чтоб не повторять ошибок,спрашивайте совета. У нас никуда,кроме "СОКРОВИЩНИЦЫ" форума никого не посылают....Люди у нас на форуме мирные.